Στα τρεισήμισι χιλιάδες χρόνια της ιστορίας της, από την κάθοδο των Δωριέων μέχρι σήμερα η Ναύπακτος και η ευρύτερη περιοχή της βρίσκεται πάντα στην πρώτη γραμμή του αγώνα και του πολιτισμού. Η ίδρυση της πανάρχαιας καστροπολιτείας χάνεται στα βάθη των αιώνων, όπου είναι δυσδιάκριτα τα όρια μεταξύ της Μυθολογίας και της Ιστορίας.
Το άγαλμα της Νίκης, έργο του Παιωνίου από τη Μένδη της Χαλκιδικής, ήταν ανάθημα των Ναυπακτίων και των Μεσσηνίων μετά τη νίκη τους επί των Λακεδαιμονίων στη Σφακτηρία το 421 π.Χ. Είναι ένα από τα αριστουργήματα της αρχαίας ελληνικής γλυπτικής. Το μνημείο συνολικού ύψους 10,92 μ. παριστάνει τη φτερωτή θεά, αιθέρια, ανάλαφρη και γεμάτη ζωντάνια να κατεβαίνει από τον Όλυμπο για να αναγγείλει τη νίκη των δύο συμμάχων. Ο λεπτός χιτώνας που κολλά στο κορμί της, αφήνει να διαγράφεται η τέλεια διάπλαση του σώματος. Έχουν καταστραφεί τα φτερά και το ιμάτιο που ανέμιζε προς τα πίσω, καθώς και το πρόσωπο του αγάλματος. Είναι η πρώτη φορά στην ιστορία της ελληνικής γλυπτικής που δίνεται η ψευδαίσθηση της πτήσης.
Έτσι η παραθαλάσσια αυτή πολιτεία συνδέθηκε με τις μεγάλες μετακινήσεις των Ηρακλειδών (Δωριέων) στα τέλη του ΙΒ΄π.Χ. αιώνα. Εδώ ναυπήγησαν τα πλοία τους οι Ηρακλείδες για να μπορέσουν να περάσουν αντίπερα στην Πελοπόννησο.
Η επίζηλη στρατηγική της θέση στο στόμιο του κλειστού τότε Κορινθιακού κόλπου ήταν η αιτία να γίνει η Ναύπακτος στη μακραίωνη ιστορική της πορεία το μήλο της έριδας ανάμεσα στους δυνατούς της κάθε εποχής.
Από αποσπάσματα αρχαίων συγγραφέων γίνεται αντιληπτό ότι δεν είναι σχήμα λόγου όταν λέμε ότι η Ναύπακτος βρισκόταν στο κέντρο των διενέξεων της Αρχαίας Ελλάδας και έπαιξε σημαντικό ρόλο στην Αιτωλική Συμπολιτεία. Λοκροί, Αθηναίοι, Μεσσήνιοι, Αχαιοί, Θηβαίοι, Μακεδόνες, Αιτωλοί εναλλάσσονται στη διαχείριση των τυχών της στη μακραίωνη πορεία της.
Την περίοδο της ρωμαϊκής εξουσίας η Αιτωλία μπήκε σε τροχιά παρακμής και η Ναύπακτος για μεγάλο χρονικό διάστημα δεν απαντιέται στις γραπτές πηγές της εποχής. Αντίθετα, οι αρχαιολογικές ανασκαφές αποκάλυψαν και συνεχίζουν να αποκαλύπτουν μία πλήρως οργανωμένη πόλη με δρόμους και κτίρια ιδιωτικού και δημόσιου χαρακτήρα της Ρωμαϊκής εποχής γύρω από την περιοχή που βρίσκεται σήμερα το πρώτο Δημοτικό Σχολείο της πόλης.
Στους μεταχριστιανικούς αιώνες, εξ αιτίας βαρβαρικών επιδρομών (Βησιγότθοι, Ούννοι, Νορμανδοί, Σλάβοι, Σαρακηνοί, Βούλγαροι κ.α.), θεομηνιών, σεισμών και άλλων καταστροφών, η Ναύπακτος για πολλούς αιώνες πέρασε σε ιστορική αφάνεια.
Επανήλθε δυναμικά στο ιστορικό προσκήνιο μετά το 1204, όταν αποτέλεσε τμήμα του λεγόμενου Δεσποτάτου της Ηπείρου. Την περίοδο αυτή ο Επίσκοπος Ναυπάκτου και αργότερα Aρτας Ιωάννης Απόκαυκος (1204-1232) διαδραμάτισε σπουδαίο ρόλο στην εκκλησιαστική και πολιτική ιστορία του Δεσποτάτου.
Το 1407 η Ναύπακτος κυριεύθηκε από τους Ενετούς, γνώρισε περίοδο εξωραϊσμού και ακμής και μεταβλήθηκε σε εμπορικό κέντρο που συναγωνίσθηκε την εμπορική κίνηση της Πάτρας. Την περίοδο αυτή το κάστρο συντηρήθηκε και πήρε τη μορφή με την οποία το γνωρίζουμε σήμερα.
Μετά από τους Ενετούς ήρθε η σειρά της Οθωμανικής αυτοκρατορίας να κυριαρχήσει στο βαλκανικό χώρο. Ύστερα από αλλεπάλληλες επιθέσεις των Τούρκων, το 1499 η πόλη παραδόθηκε στο Σουλτάνο Βαγιαζήτ Β΄.
Για την προστασία της Ναυπάκτου οι Τούρκοι κατασκευάζουν τα «Μικρά Δαρδανέλλια», δύο φρούρια στην είσοδο του Κορινθιακού κόλπου, στο Ρίο και στο Αντίρριο.
Ο συνεχής επεκτατισμός των Οθωμανών και ο ορατός πια κίνδυνος για τη Δύση ανάγκασε τους ηγεμόνες των κρατών της Ευρώπης να συνασπιστούν για την αντιμετώπιση του κίνδυνου. Έτσι μετά από επίμονες, επίπονες και πολύμηνες προσπάθειες ο Πάπας Πίος Ε΄ κατόρθωσε να δημιουργήσει τον Ιερό Συνασπισμό. Η Ισπανία, η Βενετία, η Ρώμη, η Σαβοΐα, η Μάλτα, και μερικά ακόμα Ιταλικά κρατίδια συνασπίζονται και αναλαβαίνουν ιερή Σταυροφορία να ανακόψουν την προέλαση των Οθωμανών. Ο χριστιανικός στόλος με αρχιναύαρχο τον Ισπανό πρίγκιπα Δον Χουάν, αδελφό του βασιλιά της Ισπανίας και ο οθωμανικός στόλος με αρχιναύαρχο τον Μουεζίν Ζαντέ Αλή πασά έδωσαν στις 7 Οκτωβρίου 1571 μία φοβερή ναυμαχία στις εκβολές του Αχελώου κοντά στις Εχινάδες που έμεινε στην Ιστορία ως ναυμαχία της Ναυπάκτου. Η νίκη του Χριστιανικού στόλου ήταν σταθμός για την περαιτέρω πορεία του Δυτικού πολιτισμού.
Μετά την ναυμαχία αυτή στην Ναύπακτο συγκεντρώθηκαν πολλοί πειρατές από τη Μεσόγειο, μετατρέποντάς την σε «Μικρό Αλγέρι».
Το 1687 ο Βενετός Μοροζίνι μαζί με Αυστριακούς συμμάχους απέσπασε τη Ναύπακτο από τους Τούρκους και την παραχώρησε στους Ενετούς. Ακολούθησε μια δεύτερη μικρή περίοδος Ενετοκρατίας (1687- 1701). Το 1701 η Ναύπακτος παραδόθηκε στους Τούρκους σύμφωνα με τη συνθήκη του Κάρλοβιτς και έμεινε σκλαβωμένη μέχρι τον Απρίλιο του 1829.
Όταν, το 1821, ξέσπασε η Ελληνική Επανάσταση η Ναύπακτος χρησιμοποιήθηκε από τους Τούρκους ως στρατιωτική βάση λόγω των ισχυρών οχυρώσεων της. Αυτή ήταν η αιτία που απελευθερώθηκε τον τελευταίο χρόνο του Αγώνα. Στις 18 Απριλίου 1829 μη μπορώντας ν’ αντέξουν οι Τούρκοι και οι Αλβανοί την πολιορκία των ελληνικών δυνάμεων, παρέδωσαν τη Ναύπακτο στον έλληνα κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια.
Μετά την απελευθέρωσή της ο πληρεξούσιος τοποτηρητής και αδελφός του κυβερνήτη Αυγουστίνος Καποδίστριας και οι διοικητικές, στρατιωτικές και πολιτικές αρχές της επαρχίας και της πόλης ανάπτυξαν σημαντικές δραστηριότητες και διευθέτησαν τη διοικητική και στρατιωτική οργάνωση. Με ψήφισμα της Ε΄ Εθνοσυνέλευσης του 1832 αποφασίσθηκε η εγκατάσταση και παραχώρηση κατοικιών και εθνικής γης σε 500 περίπου Σουλιώτες και άλλους Ηπειρώτες.
Με αυτές τις βάσεις η Ναύπακτος και η περιοχή της άρχισε τη νέα περίοδο της ελεύθερης ζωής της μέσα στο νεοελληνικό κρατίδιο προσφέροντας τις υπηρεσίες της στους μεταγενέστερους εθνικο-απελευθερωτικούς και κοινωνικούς αγώνες του Νεότερου Ελληνικού Κράτους.
Με το Διάταγμα της 31-8-1949 (ΦΕΚ 202 τ. Α΄ ) η Ναύπακτος χαρακτηρίσθηκε τουριστική πόλη. Επίσης με την Φ. 31\5434\3888 από 18-2-1973 απόφαση του Υπουργείου Πολιτισμού χαρακτηρίσθηκε ως τόπος ιστορικός και ιδιαιτέρου φυσικού κάλλους.
